Di berbagai daerah di penjuru dunia terjadi pembunuhan misterius. Sang tersangka dicurigai sebagai anggota dari Organisasi Hitam. Sementara itu di Jepang sang tersangka membobol kantor polisi untuk mencuri file rahasia dari berbagai badan intelijen rahasia seperti FBI dan CIA (Amerika), MI6 (Inggris) dan BDN (Jerman). Di file itu berisi nama para agen yang ditugaskan untuk mengawasi aktivitas Organisasi Hitam. Polisi berusaha melumpuhkannya, tapi sang tersangka berhasil mencuri mobil dan melarikan diri. Keesokan harinya Conan, Profesor Agasa, Haibara, dan kelompok detektif cilik mengunjungi Tohto Akuarium yang baru direnovasi. Saat naik wahana, komedi raksasa, Conan melihat seorang wanita yang duduk sendirian dan dalam keadaan terluka. Wanita dengan heterokromia (mata kiri dan kanan berbeda warna) itu ternyata hilang ingatan. Conan dan teman-temannya memutuskan menjaga wanita tadi untuk memulihkan ingatannya. Tanpa mereka sadari wanita misterius itu adalah bagian dari rencana Organisasi Hitam untuk menjebak mereka.
Screenshot